Voda v přírodních koupalištích na jižní Moravě je vhodná ke koupání. V jedné z lagun v horní nádrži Nové Mlýny na Břeclavsku má však stále zhoršenou jakost. Bez problémů byly při pondělním měření třeba všechna koupaliště Brněnské přehrady nebo Vranovská přehrada na Znojemsku. Vyplývá to z informací na webu krajské hygienické stanice, která kontroluje kvalitu vody ve více než 20 nejnavštěvovanějších místech v regionu.

Hygienická stanice stav vody rozděluje do pěti kategorií od vhodné po nebezpečnou. V laguně 1 na Nových Mlýnech evidují hygienici dlouhodobé zhoršení mikrobiologických parametrů jakosti vody a hodnotí ji třetím stupněm. Značí, že koupání v takové vodě může být rizikové třeba pro děti, těhotné ženy nebo alergiky. V laguně 2 platí druhý stupeň, po koupání by neměly nastat zdravotní potíže. Druhým stupněm hodnotí také vodu v nádrži Palava na Blanensku, kde je méně průhledná.

Vhodná voda je na všech pěti koupalištích Brněnské přehrady, kterými jsou Rokle, Rakovec, Osada, Kozí horka a Sokolské koupaliště, či v přírodním koupacím biotopu v části Brno-jih

Bez problémů je i rybník Suchý na Blanensku, biotop Kovalovice na Brněnsku nebo lom Janičův vrch na Břeclavsku. U kvality vody hraje podle hygieniků roli počasí. Vlivem vedra se mohou množit sinice, ale také může být sucho, čímž se sníží průtok vody. Může se tak stát, že se kvalita vody v přírodním koupališti natolik zhorší, že hygienici koupání zakážou.