Koupání ve vodní nádrži Letovice na Blanensku je kvůli možným zdravotním problémům stále nebezpečné. Důvodem je množství sinic v důsledku snížené hladiny kvůli opravám. Ve Výrovicích na Znojemsku je voda nevhodná ke koupání. Vyplývá to z analýzy vzorků jihomoravské hygienické stanice. Na ostatních přírodních koupalištích se mohou lidé koupat. Hygienici sledují zhruba dvacítku nejvíce navštěvovaných přírodních koupališť v kraji.
V Letovicích trvá špatná situace od půli srpna, ve Výrovicích je s výjimkou jednoho týdne po celý srpen. Důvodem je vysoký výskyt sinic.
Horší jakost vody, ve které se ale dá koupat, je na Nových Mlýnech na Břeclavsku, na Palavě a rybníku Suchý na Blanensku a také na Brněnské přehradě na koupalištích Kozí horka, Rakovec a Rokle. Naopak na přehradě na Osadě a Sokolském koupališti má voda jen zhoršené smyslově postižitelné vlastnosti.
Bez problémů je voda v jezírku Wellness Infinit Maximus, v přírodním biotopu v Brně-jihu, v jezírku Atlantis Rozdrojovice, v Kovalovicích a Oslavanech na Brněnsku, v lomu Janičův vrch v Mikulově, v Bohuslavicích na Hodonínsku a Lulči na Vyškovsku. Koupat se dá i ve Vranovské přehradě, v Banticích a Vémyslicích na Znojemsku a Lučině na Hodonínsku.
